L’étude de l’ADN permet
de révéler plusieurs informations permettant l’identification des différents
compartiments dans le génome et entre
des génomes distincts. L’information la plus commun est la fréquence d’un oligo
au sein d’une séquence. Par contre cet information est non explicatif .C’est
juste un indice calculé qui vari énormément au sein de la séquence. En
utilisant la méthode de "DNA walk", cette fréquence suit par conséquence une loi
normale puisque cette fréquence change d’un emplacement à un autre dans le génome.
Nous étudions la distance entre les oligo présent dans la séquence. Nous
considérons alors que les bases symbolisent un enchaînement de pièces de
dominos mis l’une après l’autre. Nous avons déterminé la loi de probabilité pour
ce variable discret notamment géométrique et une corrélation entre la fréquence et la
distance. Pour des buts comparatifs, nous avons essayé de stabiliser nos
statistique en utilisant la méthode de karlin S. et al.et comparer les
séquences des génomique après une normalisation à des prédit issu de l’approximation
géométrique.
En
fin, nous avons essayé de comparer la structure eucaryote (Chr X de l’homme)
et celle de procaryote (E.coli k12)en utilisant notre approximation d’indépendance
telle que l’indice de rho avec deux oligos à la fois . Nous avons signalé un effet d'usage des codons chez E.coli (aire segmentée dans la FIG) avec des zone sur exprimées et sous exprimées consécutives tel qu’il signaler ultérieurement avec karlin et al.
Dans
le chromosome X, l’effet d'usage des codons est omis et nous reportons que les effets
d’abondance( aire bleu dans la FIG indique la répression GC). Cette remarque permet de nous conclure que notre tentative peut
permettre de distinguer entre une zone transcrit et non transcrit se qui permet
de distinguer l’ADN eucaryote de celle procaryote facilement.
Macherki M E:R course and applications in genomic 2014
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