La question qui m’intéresse et intéresse beaucoup des
personnes concernant une séquence codante pour une protéine : quels sont
les manipulations à faire à cette séquence ?
La première étape consiste à un alignement dans la base de
donné (BLAST, protSWISS…) pour savoir quel sont les organismes qui l’utilisent.
Une information générale est élaborée à partir des publications sur la structure, le rôle et les
propriétés physico-chimiques (PUBMED).
Supposant qu’on va essayer avec notre ordinateur pour déterminer
les caractéristiques d’une séquence aléatoire. Pour les propriétés physico
chimique, je propose le package seqinr pour le logiciel R.
Par exemple pour la séquence de référence pour le protéine 16S R d'Aggregatibacter sp. Clone_MB3_C38
:
Le fichier FASTA est définit par :
attr(,"name")
[1]
"513_3635"
attr(,"Annot")
[1]
">513_3635 | Aggregatibacter sp. |
HOT_513 | Clone_MB3_C38 | DQ003635 | Phylotype"
attr(,"class")
[1] "SeqFastadna"
> AAstat(translate(a))###C'est une fonction qui donne des statistiques utiles pour notre protéine
$Compo
*
A C D
E F G
H I K
L M N
P Q R
S T V
W Y
31 32 8 18 22
6 48 12 14 11 41 10 20 27 19 34 36 21 37
9 8
$Prop
$Prop$Tiny
[1] 0.21261
$Prop$Small
[1]
0.3621701
$Prop$Aliphatic
[1]
0.1348974
$Prop$Aromatic
[1]
0.05131965
$Prop$Non.polar
[1] 0.3519062
$Prop$Polar
[1] 0.2829912
$Prop$Charged
[1]
0.1422287
$Prop$Basic
[1]
0.08357771
$Prop$Acidic
[1]
0.05865103
$Pi
[1] 8.774443
Pour la visualisation 3D, je propose le logiciel SPDBV_4.10_PC.
Il est très simple à manipuler avec des séquence d’ADN.
SWISSMODEL-- séquence de nucléotide---Tools-----> surface
Il existe plusieurs autres manipulations à réaliser avec ce
deux logiciels, il faut juste les essayer.
