Tentative en biologie computationnelle//Macherki M E

L’étude  de l’ADN permet de révéler plusieurs informations permettant l’identification des différents compartiments dans le  génome et entre des génomes distincts. L’information la plus commun est la fréquence d’un oligo au sein d’une séquence. Par contre cet information est non explicatif .C’est juste un indice calculé qui vari énormément au sein de la séquence. En utilisant la méthode de "DNA walk", cette fréquence suit par conséquence une loi normale puisque cette fréquence change d’un emplacement à un autre dans le génome. Nous étudions la distance entre les oligo présent dans la séquence. Nous considérons alors que les bases symbolisent un enchaînement de pièces de dominos mis l’une après l’autre. Nous avons déterminé la loi de probabilité pour ce variable discret notamment géométrique  et une corrélation entre la fréquence et la distance. Pour des buts comparatifs, nous avons essayé de stabiliser nos statistique en utilisant la méthode de karlin S. et al.et comparer les séquences des génomique après une normalisation à des prédit issu de l’approximation géométrique.

En fin, nous avons essayé de comparer  la structure eucaryote (Chr X de l’homme) et celle de procaryote (E.coli k12)en utilisant notre approximation d’indépendance telle que l’indice de rho avec deux oligos à la fois . Nous avons signalé un effet d'usage des  codons  chez E.coli (aire segmentée dans la FIG) avec des zone sur exprimées et sous exprimées consécutives tel qu’il signaler ultérieurement avec karlin et al.

Dans le chromosome X, l’effet d'usage des  codons est omis et nous reportons que les effets d’abondance( aire bleu dans la FIG indique la répression GC). Cette remarque permet de nous conclure que notre tentative peut permettre de distinguer entre une zone transcrit et non transcrit se qui permet de distinguer l’ADN eucaryote de celle procaryote facilement.

Macherki M E:R course and applications in genomic 2014