Prédiction de profil de restriction//Macherki M E

La digestion enzymatique d’un fragment d’ADN par des enzymes de restriction est une manipulation très rependu dans les analyses génétique. Comme tout procédé d’analyse, il y avait un but et des contraintes :

+Un résultat parfait qui répond à la question dans ce cas : quel est le nombre des bondes à trouver avec cette digestion ?

-Quel sera le résultat sachant qu’on utilise un gel d’agarose 1%(les bonde visualisées sont comprises entre 50 et 1000 paires des bases) ?

C’est question est typique disant académique pour apprendre la manipulation des séquences avec un logiciel. Nous proposons l’algorithme suivant élaborer avec le langage R  juste avec une fonction de trois lignes.

library("seqinr")

  mon_fonction_digestion<-function(Sequence,Marqueur){

  position<-unlist(gregexpr(Marqueur,c2s(Sequence))) ###en majuscule

  stripchart(diff(position)[diff(position)<1000& diff(position)>100],vertical = T,ylim=c(50,1050))

    }

Avec  Sequence: un vecteur contenant la séquence à analyser.

         Marqueur: la séquence palindromique (mode char)de l'enzyme de restriction

Exemple

se<-ec999[[1]] # un exemple de séquence

mr<-"ata"## un exemple de marquer

mon_fonction_digestion(se,mr)

Macherki M E:R course and applications in genomic 2014